1、性質不同：溶菌/酶是一種能水解致病菌中黏多糖的堿性酶。溶酶體為細胞漿內由單層脂蛋白膜包繞的內含一系列酸性水解酶的小體。

　　2、種類不同：溶酶體中約含60種酶，包括蛋白質、糖類、脂類等物質的水解酶類，如酸性磷酸脂酶、組織蛋白酶、核糖核酸酶以及芳香基硫酸脂酶A和B等。溶菌/酶則沒有。

　　3、優點不同：溶菌/酶是很穩定的蛋白質，有較強的抗熱性。蛋清溶菌/酶是C型，是已知的最耐熱的酶。溶酶體內含有許多種水解酶類，能夠分解很多種物質，溶酶體被比喻為細胞內的酶倉庫消化系統。